Из-за продуктов, содержащих глютен, возникает воспаление тонкой слизистой оболочки кишечника с часто обширным разрушением эпителиальных клеток. В результате питательные вещества плохо усваиваются и в значительной степени остаются непереваренными в кишечнике. Возможные симптомы включают снижение веса, диарею, рвоту, потерю аппетита, усталость, депрессию, склонность к кровотечению и замедленное физическое развитие. Также могут возникать неврологические расстройства.