Операции при гастроинтестинальных стромальных опухолях ЖКТ проводятся обычно на ранней стадии. Цель состоит в том, чтобы удалить опухоль, насколько это возможно. Пациентам с прогрессирующим заболеванием назначается лекарственная терапия. Однако использование препаратов возможно только в том случае, если генетический тест показал, что опухоль чувствительна к ним. Если это так, у многих пациентов рост опухоли может быть остановлен или, по крайней мере, замедлен.